Achizie intracomunitara

Buna,
Am o problema la care nu am reusit sa gasesc nicaieri raspunsul, stiu, legislatia e clara din acest punct de vedere dar ma intrebam daca cineva a mai intalnit un astfel de caz si cum s-a finalizat.
SRL romaneasca, cu asociat unic cetatean strain, societate platitoare de TVA si inscrisa in ROI, achizitioneaza produse cosmetice si de parfumerie dintr-o tara membra UE. ( tin sa precizez ca acesta e si principalul sau obiect de activitate, comertul cu ridicata al produselor cosmetice si de parfumerie )
I s-a intocmit factura pentru marfa respectiva, facturi de fapt pentru a achzitiona de la mai multe societati. In acelasi timp, a gasit un cumparator pentru marfa respectiva tot pe teritoriul UE. Pana aici, nimic deosebit, se inregistreaza teoretic in 390, atat achizitia, cat si livrarea. Nu e o operatiune triunghiulara pentru ca marfa s-a livrat direct cumparatorului, nu a mai ajuns pe teritoriul Romaniei. Problema este ca furnizorii, desi au inscris un cod de TVA pe factura, acesta nu apare in VIES, iar factura, la coloana unde ar fi trebuit sa apara valoarea TVA e E41, cod folosit pentru livrarile scutite cu drept de deducere. In schimb, cumparatorul apare in VIES si a si achitat marfa prin transfer bancar. Dupa parerea mea, furnizorul nu ar fi avut dreptul sa intocmeasca astfel factura, neaparand cu un cod valid de TVA in VIES, sau poate ma insel?
In orice caz, daca cineva ma poate ajuta cu un raspuns, va multumesc frumos!